В 1895 году при штабе Петербургского военного округа была учреждена специальная комиссия по постройке церквей на военных участках Успенского и Преображенского кладбищ - "обеих в память Бозе почившего Императора Александра Александровича, в царствовании которого войсковые кладбища повсюду приведены в состояние современного благоустройства". Небольшая кладбищенская церковь с шатровой звонницей построена на территории воинского отделения Преображенского кладбища в 1895 – 1896 годах по проекту архитектора В. А. Колянковского и освящена 16 ноября 1896 года во имя Святого Александра Невского. Она представляет собой типичное сооружение в "русском стиле". В церкви отпевали умерших солдат Петербургского гарнизона. Храм был великолепно украшен, её иконостас был сделан из темного дуба, на стенах размещались иконы, среди которых было много пожертвованных разными воинскими частями. В годы Первой Мировой войны в церкви отпевали солдат, умерших в госпиталях Петрограда и его окрестностей.

Закрытая в мае 1938 года и переданная строительно-бытовой конторе Московского РЖУ, в последующие годы она была сильно повреждена. Церковь была передана в 1983 году старообрядческой православной общине Белокриницкого согласия и восстановлена к концу 1980-х годов. Храм повторно освящен в 1988 году во имя Покрова Пресвятой Богородицы.