Новый храм в стиле старинных церквей Новгорода построен на месте, где когда-то находился Комендантский ипподром. Автором Никольской церкви и отдельно стоящей звонницы храма является архитектор Р. Муравьев. Сооружение церкви осуществлялось в 2004-2005 гг.

Интерьер небольшой церкви украшен росписями, выполненными художником О. Мансуровым. Первое богослужение в храме прошло 4 января 2006 г. В марте 2008 г. митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир совершил малое освящение храма.