Церковь была построена в 1900 - 1901 годах по проекту архитектора А. С. Тиханова при участии П. П. Трифонова и освящена в 1901 году во имя Святой Троицы. Православная Троицкая церковь в Озерках действовала до 1938 года. Затем в нем разместились столярные мастерские.

В 1962 году бывшая Троицкая церковь была передана евангельским христианам-баптистам под молитвенный дом. В конце 1970-х годов была проведена реконструкция здания церкви по проекту В. Б. Бухаева и Г. А. Васильева, в результате чего был полностью восстановлен ее внешний облик. Ныне закончился срок аренды здания и рассматривается вопрос о возврате его Русской Православной Церкви.