Чудесное спасение Императора Александра III с семьей 17 октября 1888 года при крушении поезда в Борках под Харьковом вызвало в стране строительство множества храмов, посвященных этому событию. Решили отметить это чудо и таможенники, биржевые артельщики и портовые чиновники, населявшие Гутуевский остров и устье Невы, куда после открытия Морского канала перенесли торговый порт. Вначале была задумана каменная часовня, но, поскольку приходская церковь стояла далеко, целесообразнее показалось выстроить большой деревянный храм. Гражданский инженер С. И. Андреев уже составил его проект, когда местный фабрикант И. А. Воронин пожертвовал 100 тыс. руб. на каменную постройку - деньги по тем временам немалые, оговорив размещение в ней семейной усыпальницы.

Работу над проектом храма на 1400 человек поручили молодому архитектору Василию Косякову, который не только блестяще справился с задачей, но и выполнил ее чрезвычайно быстро - всего за месяц! Еще быстрее собрали пожертвования на постройку храма. Проект Гутуевской церкви явился ярким примером расцвета так называемого "русского стиля" храмовой архитектуры в конце XIX века. Многие считают Николая I духовным отцом этого направления, которое, опираясь на архитектурно-художественные традиции XVI... XVII веков, во второй половине прошлого века фактически было узаконено и государством, и церковью. В проекте В. Косякова были соблюдены все каноны планировки православного храма типа "корабль": постройка вытянута с запада на восток и состоит последовательно из паперти, колокольни с притвором, трапезной, ядра храма, главного алтаря с примыкающей к апсиде с востока часовней и двумя симметрично расположенными с севера и юга приделами. Гражданский инженер В. А. Косяков и инженер Б. К. Правдзик, приняли за образец церковь, возводившуюся на ж/д станции Борки, неподалеку от Харькова, которая была заложена в 1889 г. (автор проекта - академик архитектуры P. P. Марфельд). В 1897 году Богоявленский храм был вчерне готов. 29 апреля 1899 г. митрополит Антоний вместе с отцом Иоанном Кронштадтским освятил главный придел, а 18 июля того же года был освящен левый придел преподобного Иоанна Постника в честь жертвователя, обещавшего также построить богадельню и приют. Правый придел храма был освящен во имя Святителя Николая Чудотворца.

Значительный в градостроительном отношении храм хорошо виден с Обводного канала, с Екатерингофки, с островов. Хорошо найденные соотношения большой центральной главы и четырех малых образовали выразительный запоминающийся силуэт, что всегда было предметом особой заботы древнерусских зодчих.

Для облика этого монументального храма характерны: открытая кирпичная кладка стен, насыщенная узорочьем из лекального кирпича и ширинками с изразцовыми вставками, включением цветных майоликовых поясков, карнизов, вставок; перспективный портал западного фасада и обрамленные сдвоенными арками входы; киоты с мозаичными иконами и кружева кокошников с гончарными рельефами в днищах; шатры под витой и шишковатыми главками; нарядный шлем центральной главы, насаженный на мощный барабан, покоящийся в свою очередь на сложной системе "восьмерик на четверике". Украшенная колонками и кокошниками, отделанная узорчатым орнаментом, церковь представляет собой подлинное чудо строительного и камнерезного искусства.

Внутри храм был очень просторен и нарядно украшен. Фаянсовый, "под слоновую кость", низкий одноярусный иконостас сделала известная московская фирма М. А. Кузнецова, получив за него медаль на Парижской выставке 1900 года. Его цвет красиво контрастировал с золоченой бронзой царских врат. Образа написал А. М. Постников, настенные картины со сценами жизни Спасителя - А. С. Славцов, орнаменты - Н. М. Будаков. Резьба исполнялась в мастерской П. С. Абросимова, наружные мозаики - в мастерской известного мозаичиста А. А. Фролова. В 1910 на средства прихожан освящена Голгофа, а в 1913 алтарь и жертвенник были украшены мрамором и иконами Славцова. На западной стене храма находились двухъярусные хоры. Все внутренние стены храма были расписаны.

Церковь была закрыта в мае 1935 года. После закрытия церкви в ней размещались: овощехранилище, мыловаренный завод, склады универмага "Фрунзенский", а на территории церкви - автопарк. За эти годы были полностью утрачены: шатры и главки над алтарем; богатое внутренне убранство; стропильная система центрального барабана и его рельефный золоченый пояс по кровле; уникальная "ковровая" живопись в оконных простенках, откосах, фризах; кирпичная кладка двух боковых приделов с кокошниками и оконными проемами высотой до 3,5 метров; мозаика икон на центральном барабане, мозаичный лик Спасителя; уникальный иконостас, набранный из мозаичных киотов высотой 3,5 метра, изготовленных из белого фаянса (12 небольших его фрагментов были обнаружены в подвале отдельно стоящего здания только в 1997 г. ), а также многое другое. Сильно пострадало здание во время Великой Отечественной войны, когда в нем произошел пожар. К исходу XX века от былого благолепия храма остался всего лишь закопченый, обезображенный остов. Первые попытки начать ремонтно-реставрационные работы предпринимались специалистами СНПО "Реставратор" еще в 1976 г.: тогда намечалось решить хотя бы часть задач - выполнить реставрацию фасадов, восстановить наружный облик здания, провести работы по укреплению и консервацию его конструкций. В 1980 г. архитектор СНПО "Реставратор" К. П. Ворпулев выполнил проект реставрации фасадов церкви. В 1991 году храм был возвращен верующим, и в Богоявленье 19 января 1992 года в нем состоялось первое богослужение. 20 ноября 1991 г. утверждено задание КГИОП на ремонтно-реставрационные работы, и в 1992 году начались реальные действия по выведению храма из аварийного состояния.

Шли они крайне медленно, с трудом, поскольку финансировались, в основном, за счет пожертвований прихожан. За эти годы выполнена часть работ по реставрации интерьеров; восстановлены металлические оконные переплеты, кованые решетки окон первого этажа; расчищен подвал здания и восстановлена его гидроизоляция. Очищены от копоти наружные стены здания. Главный купол храма засверкал свежей позолотой, восстановлены малые главки и шатры церкви.

Достаточно сказать, что для восстановления кирпичной кладки конструкций пришлось изготовить более 12-ти типов фасонных кирпичей (по индивидуальным чертежам), для воссоздания исторического декора потребовалось более 50-ти видов рисунков майолики и многое другое. Сейчас реставрируется живопись центрального барабана и купола, изображавшая небесную твердь, Спасителя и Архангелов, воссоздается майолика на центральном барабане. Начались работы по созданию иконостаса храма. В церкви проводятся регулярные богослужения.