Богословское кладбище находится в северной части города, в местности, известной под названием Пискаревка. В 1841 году для нового кладбища город приобрел 24 тыс. сажень земли "в месте незаселенном, примерно в четырех верстах от ближайших Сампсониевской и Спасо-Бочаринской церквей". Кладбище назвали Богословским в память упраздненной церкви. В 1854 году здесь была выстроена небольшая часовня. Проект каменной церкви, утвержденный в 1844 году, из-за нехватки денег так и остался на бумаге. Лишь в 1914 году был выдан переносной антиминс и в часовне стали служить литургию. Одновременно архитектор Синода В. Н. Бобров разработал проект деревянного трехпридельного храма, которой был заложен 22 мая 1915 года митрополитом Питиримом как храм-памятник воинам, павшим в первую мировую войну. 26 ноября 1916 года церковь святого апостола Иоанна Богослова освятил епископ Ямбургский Анастасий. Церковь относилась к типичным образцам деревянного зодчества неорусского стиля.

До декабря 1924 года храм был приписан к Спасо-Бочаринской церкви, а затем стал приходским. В 1934 году церковь была разграблена, а через четыре года закрыта и снесена вместе с частью кладбища, как "находящаяся в закрытой зоне военной организации".

Ныне на Богословском кладбище возрождена новая деревянная церковь во имя Святого Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова. Её освящение состоялось в октябре 2000 года.