Скромная каменная церковь построена "при самом въезде у ворот, на правой руке" на средства купца Г. Г. Никонова в 1812 – 1814 годах. Он также дал деньги на иконостас, утварь и ризницу. 27 сентября 1814 года небольшой храм, построенный по проекту неизвестного архитектора в стиле ампир, был освящен во имя Святителя Николая Чудотворца.

В 1869 - 1870 годах Никольская церковь была капитально отремонтирована на средства купцов братьев Елисеевых и купца Синебрюхова, и 22 октября 1870 года вновь освящена. В простых формах здания воплотились типичные черты зодчества классицизма: завершение фасадов треугольными фронтонами, обработка стен пилястрами, перекрытие основного помещения плоским куполом. Церковь капитально перестраивалась и в 1884 году, была дополнена пристройками левого (северного) придела во имя Святого Духа и трапезной. В середине XX века к западу от здания церкви была возведена деревянная двухъярусная колокольня со вспомогательными постройками.

Среди икон храма особо почитались древняя икона Христа Вседержителя в серебряной позолоченной ризе (дар купца Ивана Аверина), висевшая за правым клиросом, и образ Тихвинской Божией Матери за левым клиросом. На южной стене храма над могилой Никоновых был устроен киот из серого мрамора с двумя иконами: Спасителя и Божией Матери. В храме было очень много икон, оставляемых после отпевания, они почти сплошь покрывали стены.

После революции Никоновская церковь ни разу не закрывалась. В настоящее время в церкви хранится несколько чтимых икон, переданных в неё из закрытых и снесенных охтинских храмов, среди них древний образ Праведного Иосифа Древодела и Смоленской Божией Матери из разрушенной Свято-Духовской церкви и очень почитаемая прихожанами икона Божией Матери Скоропослушницы из богадельни при церкви Казанской иконы Божией Матери Большеохтинского кладбища. Вероятно, из снесенной Георгиевсой церкви были переданы в храм икон Святителя Николая Чудотворца, преподобного Сергия Радонежского, преподобного Серафима Саровского и великомученика Георгия Победоносца. В наши дни Никольский храм на Большеохтинском кладбище - один из наиболее посещаемых в городе.

На Большеохтинском (Георгиевском)кладбище, возникшем в 1775 г. при первой кладбищенской церкви - св. Георгия Победоносца, снесенной в 1935 г., хоронили как жителей Охты, так и лиц из центральных районов Петербурга, территория Большеохтинского кладбища неоднократно расширялась, строились не сохранившиеся до сего дня новые храмы, в т. ч. на возникшем в 1808 г. Единоверческом отделении кладбища - 3 храма. Ныне кладбище занимает 60 Га. Среди похороненных на Большеохтинском кладбище - представители аристократических родов Шуваловых, Строгановых, Мусиных-Пушкиных. На Большеохтинском кладбище погребены: первый директор Царскосельского лицея В. Ф. Малиновский; декабрист А. М. Булатов; учёный-электротехник Г. О. Графтио; архитектор В. П. Апышков; хирурги И. В. Буяльский, А. Л. Поленов, Г. И. Турнер; писатель Л. Пантелеев (А. И. Еремеев); композитор П. И. Турчанинов; первый комиссар крейсера "Аврора" А. В. Белышев; Герои Советского Союза М. К. Власов, С. А. Забогонский, А. И. Маминов, И. Н. Пономаренко, Л. Н. Слизень, Р. М. Соколинский, И. Т. Черкашнев; Герой Социалистического Труда, учёный-артиллерист М. Я. Крупчатников и др. На кладбище - братские могилы советских воинов, павших в советско-финляндскую войну, а также советских воинов и ленинградцев, погибших в блокаду.