В 1993 г. была освящена городская больница № 3 в честь св. преподобномученицы Великой Княгини Елисаветы, и там в комнатке-часовне раз в неделю стали совершаться богослужения, на которые могли приходить больные. Часовня эта дохода практически не приносила и служила в целях православного просвещения. Чуть раньше начались совершения треб в часовне при больничном морге. Затем было решено строить около больницы новую церковь. 9 марта 1994 г. был освящен закладной крест. Епархия денег на строительство не давала, не удалось найти и крупных спонсоров. Строительство велось на средства от совершения треб. Регулярные службы в храме начались с Рождества Христова в 1997 г.

В результате конфликта устроителя и первого настоятеля храма с руководством Епархии МП приход храма св. Елизаветы вышел из подчинения Московской Патриархии и в июне 1997 г. вступил в юрисдикцию Русской Православной Церкви Заграницей. В августе того же года храм был закрыт, а в сентябре убит его настоятель. Три года храм стоял закрытым. В начале 2001 года его община, перешедшая к тому времени в подчинение Российской Православной Автономной Церкви, возобновила богослужения в Свято-Елисаветинском храме.