Первоначально созданное в 1903 году Общество Православных эстов арендовало каменный дом на набережной Екатерининского канала. Здесь, на втором этаже, в 1904 году был освящен алтарь церкви во имя Исидора Юрьевского. К концу 1905 года рядом с арендованным домом, по проекту архитектора А. А. Полещука (1868 - 1944), был воздвигнут большой двухэтажный каменный храм. В 1906 году церковь была перенесена в новое каменное здание. Церковь стала важной доминантой в панораме набережных канала Грибоедова.

Её основной объем, представляющий собой компактный куб, увенчан по углам четырьмя луковичными главами, которые свободно окружают центральную, более высокую главу. Алтарная апсида завершена шатровой крышей. Гладь стен фасадов, обращенных к Екатерининскому каналу и проспекту Римского-Корсакова, прорезана узкими окнами и расчленена едва обозначенными пилястрами. Церковь выполнена двухэтажной – нижний храм был освящен во имя Святителя Николая Чудотворца, главный престол верхнего храма – во имя святого Исидора Юрьевского, его боковые приделы – во имя Святых Апостолов Петра и Павла и во имя Преподобного Серафима Саровского. Со стороны Лермонтовского проспекта расположена часовня Святителя Николая Чудотворца, завершенная шатром. Главный престол церкви был украшен резным деревянным одноярусным иконостасом, выкрашенным в белый с золотом цвет.

Богослужения совершались по праздникам на эстонском языке, а в будние дни - обычно на русском. В церковном здании был устроен обширный зал для религиозных чтений и бесед.

Фото: ноябрь 2001 г.

Свято-Исидоровский храм был закрыт в феврале 1935 года, часть инвентаря из неё была передана в Николо-Богоявленский собор. Внутренние помещения церкви были частично перепланированы. В 1994 году был вновь освящен нижний храм свт. Николая Чудотворца, службы в нем были возобновлены. Вновь открылась и Никольская часовня. До настоящего времени продолжается реставрация верхнего храма во имя Священномученика Исидора Юрьевского. На отремонтированных куполах храма вновь заняли своё место золоченые кресты. В 2003 году выполнен ремонт фасадов храма.

Последним шагом в реставрации наружного убранства храма стала установка куполов на шатры Никольской часовни.