Маленькая деревянная однопрестольная церковь на новом городском кладбище возведена в 1997 – 2000 годах. Архитектура церкви чрезвычайно проста. Она представляет собой прямоугольный объем, сложенный из бревен, разделенный на три части: более высокую центральную и примыкающие к ней более низкие алтарную с востока и притвор с запада. Все три части перекрыты двухскатными крышами, покрытыми железным листом. Центральный объем завершен маленькой луковкой на барабане.

С момента основания старого кладбища в 1809 году на нем существовала одноименная церковь, освященная в честь наиболее почитаемого жителями Колпина и близлежащих сел святого – Николая Чудотворца. Его чудотворный образ был обретен в районе Ям-Ижоры в 1713 году и хранился в Колпинском Троицком соборе до его закрытия (с 1947 года он находится в церкви "Кулич и Пасха" за Невской заставой). Перестроенная в 1828 году, Никольская церковь сгорела в результате артобстрела в сентябре 1941 года, когда Колпино стало прифронтовым городом.

20 июня 1997 года митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир благословил приход церкви Вознесения Господня на строительство нового кладбищенского храма во имя святителя Николая Чудотворца в память о существовавшем ранее. На территории старого колпинского кладбища последние годы захоронения уже практически не производятся, а место прежнего кладбищенского храма еще после войны было занято захоронениями, поэтому новый храм решено было возвести на территории нового кладбища, примыкающего к старому с юга. Закладка храма состоялась в 1997 году. Его проект был разработан колпинским архитектором Валентиной Дмитриевной Прокошиной. Первая панихида, в ешё строящемся храме, была отслужена 29 мая 1999 года в Троицкую родительскую субботу. Спустя год строительство храма было закончено, и 22 июня 2000 года он был освящен благочинным Царскосельского округа протоиереем Геннадием Зверевым. Внутри храма находится небольшой двухъярусный иконостас, вырезанный из липы. Из икон примечателен храмовый образ Святителя Николая Чудотворца, старого письма.

Храм приписан к церкви Вознесения Господня. По субботам в храме совершается божественная литургия, в остальные дни здесь служатся молебны и панихиды. За алтарем храма находятся могилы четырех работниц Вознесенского храма, скончавшихся в 2000 - 2002 годах. В 2002 г. церковь была обнесена деревянной оградой, а рядом с ней сооружена сторожка.