В 1798 году митрополит С.-Петербургский Гавриил (Петров) благословил вернуть обители на острове Коневец на Ладоге (основана в 1393 г.) чудотворную Коневскую икону Божией Матери. Из новгородского Деревяницкого монастыря, где спасенная святыня пребывала долгие годы (ее перенесли сюда монахи после занятия острова и разорения обители шведами в 1610 году), она была привезена в столицу и два месяца находилась в городе, пока для неё чеканили серебряную ризу. От образа в этот период были явлены многие чудеса и исцеления, и многие верующие просили оставить ее в столице. Однако по распоряжению Священного Синода святыня должна была отплыть на Коневец, но с неё дозволено было сделать список для столицы, который решили поместить на петербургском подворье Коневского монастыря. Выбор места для его постройки пал на участок по Загородному проспекту, 7, и в 1821 году купцы Иван Козулин и Николай Кувшинников отдали принадлежавшие им участки земли для подворья, которое было заложено настоятелем Коневского Рождественского монастыря игуменом Израилем 28 сентября 1821 года после Высочайшего разрешения Государя. Каменная часовня на гранитном фундаменте и монашеские кельи простояли до 1862 года, когда 28 мая страшный пожар уничтожил все от Гостиного и Апраксина дворов до Загородного проспекта. Вскоре насельники монастыря стали собирать пожертвования на строительство новой часовни с келиями. 28 марта 1863 года новый проект часовни с шатровой звонницей на месте сгоревшей был Высочайше утвержден, а 15 декабря она была освящена игуменом Израилем во имя Коневской иконы Божией Матери. Автор проекта И. Б. Слупский (1826 – 1891) был уже известен как создатель других сооружений для Коневского монастыря. Во дворе было выстроено каменное трехэтажное здание, которое служило для жилья.

Небольшая уютная часовня привлекала не роскошью архитектуры, не блеском золотого убранства, а удивительным покоем молитвы. В церкви иногда молился Ф. М. Достоевский, который жил поблизости. Здесь также служил святой праведный Иоанн Кронштадтский.

На первом этаже помещался храм с большим алтарем возле винтовой лестницы, ризница, комната рядом с клиросом и дежурная комната. Основную часть храма от алтаря отделял деревянный иконостас с иконами Спаса Нерукотворного, свт. Николая Чудотворца, свт. Алексия митрополита Московского, архистратига Михаила и св. князя Александра Невского. Престол и жертвенник были мраморными. В храме находился образ "Моление о чаше", писанный на полотне, а также иконы "Св. Марии Магдалины", "Введение во храм Пресвятой Богородицы", "Сретение Господне". Чудотворная икона Коневской Божией Матери помещалась в храме в мраморном киоте. На втором этаже, где помещались хоры, среди многочисленных икон выделялись образа Божией Матери - Казанской, Смоленской и Спаса Нерукотворного.

Церковный флигель, выходивший на проспект, был окрашен в зеленый цвет. В главном храме подворья службы совершались ежедневно, утром и вечером. В дни праздников служили здесь, хор помещался на втором этаже. В верхнем этаже помещалась домовая часовня с иконостасом (если и был освящен второй престол на подворье, то неизвестно в чью честь, – судя по иконостасу верхнего храма, вероятно Вознесения Господня или Божией Матери). Он располагался в левой части здания над аркой с воротами и был обращен окнами во двор. Здесь совершались венчания, крестины, служились требы.

После революции монастырь оказался на территории получившей независимость Финляндии и просуществовал еще 20 лет. Связь с ним из-за расположения его в пределах другого государства была крайне затруднена. Храм подворья в 1919 году становится приходским и отчисляется в Епархиальное ведомство. Весной-летом 1922 года во всех храмах страны прошло изъятие церковных ценностей, выразившееся в откровенном грабеже Русской Православной Церкви и святынь русского народа. Ценности Коневского подворья были изъяты полностью, что составило 1 пуд 30 фунтов 5 золотников серебра и 28 мелких бриллиантов. 11 июля 1932 года постановлением Президиума ВЦИК Церковь Коневской иконы Божией Матери была закрыта. Сама икона была перенесена в действующую церковь Св. Симеона и Анны Пророчицы. До 1990-х годов в здании храма и подворья располагалось ТСО "Ленстройреконструкция" при районной администрации.

В 1992 году верующие начали ходатайствовать о передаче подворья С.-Петербургской епархии, но встретили сильное сопротивление администрации строительного треста. Тяжба продолжалась несколько лет. Здание подворья (только корпус, выходящий на Загородный проспект) было передано верующим 4 декабря 1996 года. Первая литургия была отслужена здесь 19 сентября 1997 года.

Начавшиеся восстановительные работы велись в 1996 – 1999 годах под руководством настоятеля священника Сергия Белькова, который восстановил также паломнические поездки в возрождающийся Коневский монастырь. Недавно в алтаре храма подворья установлен новый витраж с изображением иконы Знамения Божией Матери. Возрождение подлинного облика храма продолжается.