В 1885 г. по инициативе главнокомандующего войсками Гвардии и Петербургского военного округа Великого Князя Владимира Александровича и на средства частных благотворителей недалеко от военного госпиталя по проекту военного инженера Владимира Аркадьевича Колянковского была построена небольшая деревянная церковь во имя святого благоверного князя Александра Невского, освященная 2 октября 1885 года. По всей видимости, церковь особой прочностью не отличалась, поскольку уже спустя пять лет пришла в ветхость и встал вопрос о её капитальном ремонте. Однако, благодаря петербургскому купцу А. Ф. Черепенникову решено было на месте этой, совершенно обветшавшей церкви, построить новый храм.

Постройка новой деревянной церкви в "летней воинской столице" Императорской Русской армии, проект которой, как и прежней, был разработан военным инженером В. А. Колянковским, была начата 16 апреля 1890 г. и продолжалась в течение всего четырех месяцев. Строительство велось на средства, выделенные Военным ведомством и военно-полевым госпиталем, при котором она числилась до революции 1917 года. Уже 16 июля 1890 года протопресвитером А. А. Желобовским в присутствии Великого Князя Владимира Александровича и его супруги Великой Княгини Марии Павловны было совершено освящение новопостроенной церкви.

Церковь, построенная в русском стиле, могла вместить до 500 человек. На ее колокольне находились семь колоколов, самый большой из которых весил 486 кг. В 1906 г. распоряжением Духовного Правления к храму была приписана церковь свт. Николая Чудотворца в Авангардном лагере, в ведении церкви находилась небольшая каменная часовня на Красносельском военном кладбище, построенная в 1895 году. В 1907 году усердием церковного старосты И. Г. Холенкова в храме был установлен новый престол из белого мрамора.

После прихода к власти большевиков церковь стала приходской. Согласно архивным документам, Александро-Невская церковь была закрыта по постановлению Леноблисполкома от 21 ноября 1932 года и спустя год передана под подсобное помещение находившейся по соседству воинской части.

Спустя два месяца после начала Великой Отечественной войны Красное Село оказалось в зоне немецкой оккупации. Идя навстречу просьбам местных жителей, немецкое командование в начале 1942 года разрешило открыть храм и в течение года в нем происходили богослужения, во время которых священник Псковской миссии о. Иоанн Пиркин молился о победе Красной Армии. В 1943 году, когда значительная часть оставшихся жителей Красного Села была вывезена немцами в Прибалтику, церковь действовать перестала.

После Великой Отечественной войны Александро-Невская церковь оставалась единственной не разрушенной, и в 1946 году местными жителями было направлено ходатайство об её открытии. Некоторая либерализация по отношению к Русской Православной Церкви позволила властям дать на это согласие, и в 1947 году были начаты работы по ремонту уцелевшего храма. Освящение отремонтированной церкви было совершено 2 июля 1947 года. Находящийся в настоящее время в храме деревянный трехъярусный иконостас с золочеными Царскими Вратами был привезен сюда после войны из Александро-Невской церкви дер. Александровка близ села Тайцы. Одной из главных достопримечательностей храма является находящаяся на правом клиросе небольшая икона св. праведного Симеона Богоприимца, ранее прибывавшая в Троицкой церкви Красного Села и являющаяся местной святыней.

В 1960-е годы с южной стороны храма была сделана пристройка закрытой веранды, несколько нарушившая его пропорции.

В 1995 году церковь была вновь включена в число объектов исторического и культурного наследия как памятник архитектуры федерального значения.