Леушинский Иоанно-Предтеченский женский монастырь был основан в 1875 году в местечке Леушино близ реки Шексны между Череповцом и Рыбинском. Быстро обитель трудами Игуменьи Таисии и монахинь стала одной из трёх "женских лавр", наряду с Дивеево и Шамордино. В канун 1917 года в ней подвизалось почти 700 насельниц. Монастырь оставался действующим до 1931 года, а в 1941 - 1946 годах он был затоплен водами Рыбинского водохранилища. Как древний град-Китеж он пребывает сокрытым от поругания.

Иоанно-Богословское подворье Леушинского монастыря было основано в Петербурге по благословению о. Иоанна Кронштадтского. Архитектурный проект храма в комплексе зданий подворья выполнен архитектором Н. Н. Никоновым по образцу древних ярославских храмов. В камне замысел зодчего был воплощен в 1893 – 1895 годах.

21 ноября 1894 года в сослужении Всероссийского пастыря состоялось освящение главного храма. Придел великомученицы Варвары был освящен спустя месяц. Третий престол оставался неосвященным до 1917 года в ожидании канонизации отца Иоанна. Первым настоятелем храма был протоиерей Иоанн Орнатский - племянник Иоанна Кронштадтского. В написанном сестрами иконостасе находилась чтимая Леушинская икона Божией Матери "Аз есмь с вами и ничтоже на вы".

Фасад Леушинского подворья включен в сплошную застройку ул. Некрасова и выделяются в ней благодаря разнообразной и усложненной декорации в "русском стиле". Особенно интересны высокие фигурные наличники окон третьего этажа церкви, завершенные многолопастными декоративными арочками.

Этот же мотив, но в укрупненных размерах, повторен в венчающем кокошнике храма. Трехэтажное здание венчает купол на цилиндрическом барабане.

Непосредственно храм находится на третьем этаже здания подворья и имеет три придела. До настоящего времени сохранились росписи в куполе храма. Для Иоанна Кронштадтского, часто служившего здесь, на 2-м этаже были устроены гостевые покои. Там же располагалась келья игуменьи Таисии.

Сюда, на Петербургское подворье, переместилась духовная жизнь монастыря после его закрытия. В центре города под видом прихода почти 10 лет реально существовал женский монастырь. В 1931 году храм был закрыт, в 1932 году были арестованы последние леушинские монахини. Здание подверглось внутренним перепланировкам, в помещениях церкви разместились производственные мастерские психоневрологического диспансера.

В 1995 году митрополит Иоанн обратился к властям с просьбой о возвращении архитектурного комплекса Леушинского подворья. В 1999 году была зарегистрирована община храма. В июле 2000 года храм Леушинского Подворья был возвращен церкви, но до сих пор нижние этажи здания ещё занимает психоневрологическая больница. Вначале богослужения проводились на 4-м этаже, возникшем в ходе перестроек 1930-х годов, а с 9 октября 2000 года они совершаются в историческом храме Иоанна Богослова, где столько раз служил сам преподобный Иоанн Кронштадтский.

В храм святого Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова вернулись великие святыни Леушинского монастыря, сохранившиеся за годы гонений. Одной из главных является выносной Крест с мощами святого Иоанна Предтечи. Чтимыми святынями Подворья являются: моленный образ Игуменьи Таисии; икона Святой Троицы, написанная на древе Мамврийского Дуба; Свято-Крестовская икона Божией Матери и "Спас Плачущий" из Леушинского монастыря. На главном куполе церкви в 2003 г. установлен временный деревянный православный крест.