В 1742 году в Рыбацкой слободе была построена одноэтажная деревянная церковь, а в 1741 - 1744 годах рядом с ней на средства прихожан была построена каменная церковь, которую полвека спустя, в 1792 году, надстроили вторым этажом с куполом и одноярусной колокольней. В 1862 - 1864 годах, во время ремонта, по проекту Г. И. Карпова были пристроены два каменных придела. Боковые приделы были освящены несколько ранее главного алтаря, освященного 29 января 1865 года во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Правый придел был посвящен Святителю Николаю, левый - Толгской иконе Божией Матери. Верхний храм был освящен во имя Апостолов Петра и Павла. В 1872 - 1873 годах церковь была обнесена оградой с часовней, каменными воротами и калиткой.
      В 1900 - 1901 годах архитектор Д. П. Рябов основательно перестроил всё здание, сделав его одноэтажным и двусветным. Фасады были отделаны в "русском стиле", появилось пятиглавие, колокольня получила шатровое увенчание. Церковь славилась красивым высоким двухъярусным иконостасом.

В 1930-е годы Покровская церковь была закрыта и передана заводу "Большевик". Здание её было сильно повреждено в годы Великой Отечественной войны, когда здесь проходил рубеж внутренней обороны города. В 1950-е годы полуразрушенная церковь была полностью разобрана и на её месте разбит сквер, позже запущенный и превратившийся в пустырь. Сохранился лишь причтовый дом Покровского храма (Рыбацкий пр., 12).
      14 октября 2003 года, на месте алтаря Покровского храма был установлен и освящен крест и закладной камень. Первоначально воссозданная община планировала восстановление в прежнем историческом виде главной святыни Рыбацкого - Покровского храма. Однако, после проведения предварительных исследований местности, выяснилось, что юго-западный угол храма оказался под асфальтовой площадкой - частью Рыбацкого проспекта, а юго-восточный угол оказался прямо на границе дороги. Это означало, что от восстановления порушенного храма в его прежнем виде приходится отказаться.

Ныне рядом с местом разрушенного храма, в створе улицы Д. Устинова, возведен небольшой деревянный Покровский храм-часовня, освященный в ноябре 2005 г. Место старой Покровской церкви решено обиходить и поддерживать в достойном виде.

В перспективе рядом с часовней будет возведен каменный храм во имя Всех Санкт-Петербургских Святых (в их число входит и последний настоятель Покровского храма о. Николай Кулагин, растрелянный в 1937 г.). Архитектор проекта нового храма - Б.П. Богданович. Церковь предполагается построить с восточной стороны утраченного храма, на плавном склоне в сторону русла Невы. Так как эта территория могла быть местом старинного кладбища, то с северной стороны проектируемого храма зарезервировано место для перезахоронения останков людей, места погребения которых попадут в зону строительства.
      По разработанному проекту, кубический объём храма должен быть прорезан двенадцатью проёмами и завершен высоким световым барабаном со сферическим куполом. Алтарная часть - более низкая и имеет односкатное покрытие. Западный притвор имеет покрытие в виде пурпурного покрова, символизирующего Покров Божией Матери. С северо-восточной стороны к церкви будет примыкать колокольня, завершенная пирамидальным шатром и маленькой луковичной главкой.