В 1864 г. был образован Дом милосердия, который поступил под покровительство великой княгини Марии Николаевны. Его разделили на два отделения для взрослых и несовершеннолетних), разместившихся в разных частях города. Для отделения несовершеннолетних в Лесном в 1865 - 1867 гг. было выстроено деревянное здание, где воспитывалось около 50 девочек 10-14 лет из неблагополучных семей. В этом здании 25 февраля 1868 г. была освящена домовая церковь. 25 мая 1887 года по проекту академика В. А. Пруссакова, архитектора Дома милосердия, был заложен двухэтажный каменный храм. Однако на выбранном месте оказался засыпанный пруд, отчего церковь на 500 человек пришлось впоследствии заложить восточнее. Поэтому освящение храма, на котором присутствовала покровительница Дома - принцесса Евгения Максимилиановна Лейхтенбергская, задержалось до 29 мая 1889 года. Главный престол храма был освящен во имя Преображения Господня, а придел - во имя преподобного Сергия Радонежского, в память о герцоге Сергее Максимилиановиче Лейхтенбергском, погибшем в русско-турецкую войну. В этот придел перенесли иконостас из прежней церкви, куда он попал из Мариинского дворца. Храм в "византийском стиле", сложенный из кирпича двух цветов, завершался деревянным куполом и одноярусной шатровой колокольней над входом. Пресса писала о храме: он "как нельзя более отвечает положению местности, в которой все дачные постройки лишены характера городских зданий".

Исторический вид церкви

Иконы для одноярусного главного иконостаса, вырезанного мастерами Лебедевым и Медведевым по рисунку зодчего, исполнил Н. А. Лихутин, который был также автором росписи. Витраж "Воскресение Христово" служил запрестольным образом, а икона в память спасения Императорской семьи в Борках была последней работой академика Д. Н. Мартынова. Директор Дома милосердия И. И. Глазунов подарил в ризницу золоченые сосуды.

С 1919 года церковь стала приходской. Храм при бывшем Доме Милосердия был закрыт в ноябре 1932 года. Здание использовалось заводом им. Энгельса под мастерские и позже было перестроено. Позже в нем располагался Выборгский почтовый узел связи. В 2003 г., после того как узел был ликвидирован, было подписано распоряжение о передаче здания верующим. 7 февраля 2004 г. был совершен чин малого освящения храма. Сейчас в Преображенской церкви проводятся регулярные службы.