Преподобный Серафим, в миру - Прохор Мошнин /1759 - 1833/, происходил из семьи курских купцов; в 19-летнем возрасте в ноябре 1778 г. он стал послушником, а позже - иеромонахом Саровской пустыни под Тамбовом. В 1794 г. Серафим удалился на жительство в келью в лесу в пяти верстах от монастыря и жил там до своей смерти 1 января 1833 г. Еще при жизни он прославился многими чудесами. Архиепископ Черниговский Филарет говорил, что преподобный Серафим был "самым великим подвижником благочестия последних времен", В 1903 г. преподобный Серафим был канонизирован Русской Православной Церковью.

В 1903 году по ходатайству причта Благовещенской церкви в Старой Деревне епархией были приобретены земли севернее полотна железной дороги для организации на них нового городского кладбища. 25 июля 1906 года была произведена закладка храма во имя преподобного Серафима Саровского. По имени церкви и кладбище получило наименование Серафимовского. К концу октября здание было уже построено; проект его исполнил А. Ф. Барановский при участии епархиального архитектора Н. Н. Никонова. Внешний облик здания определяют шатровые крыши церкви и колокольни, резные подзоры кровли, точеные столбы крылец. Одновременно с главным престолом храма 1 марта 1907 года протоиереем Н. А. Травинским были освящены также два придела: южный - во имя Святой Мученицы Царицы Александры и северный - Покрова Пресвятой Богородицы.

Дубовый иконостас прекрасной работы для церкви пожертвовал купец А. А. Николаев, а 11 образов для иконостаса - М. Н. Колчин. Художник Аннушкин написал образ Явления Иисуса Христа иеромонаху Серафиму, этот образ был пожертвован храму купцом Ф. М. Минаевым. А. Д. Смирнов принес в дар церкви паникадило, бронзовую дарохранительницу и богослужебные сосуды, А. В. Балявин - три дубовых престола, А. И. Секунов - большое Евангелие в серебряном вызолоченном окладе с рельефными изображениями Воскресения Христова, Евангелистов и Рождества Христова, А. Д. Шершова - напрестольный крест и малое Евангелие. Близ правого клироса главного придела была помещена главная святыня храма - образ преподобного Серафима Саровского с частицей его мощей, мантии и гроба, а также камня, на котором он молился тысячу дней и ночей. За клиросами главного придела были размещены образа Казанской Божией Матери и Святителя Николая Чудотворца, пожертвованные в храм супругами Ивановыми. В правой части придела была помещена икона преподобного Серафима, написанная, возможно, ещё при его жизни и находившаяся позже у его ученика Иоасафа, позднее иегумена Павло-Обнорского монастыря Вологодской губернии.

В годы Первой Мировой войны на Серафимовском кладбище хоронили солдат и офицеров, погибших на фронтах и в госпиталях Петрограда. Левее Царских врат главного алтаря на специальном столбе и ныне висит мемориальная латунная доска с образом Святителя Николая Чудотворца в память 136 солдат и офицеров 36-го Орловского пехотного полка, погибших в октябре 1914 года в боях на реке Сан, с надписью: "Нет выше той любви, когда кто положит душу свою за друзей своих. Вечная память".

В послереволюционные годы оставалась действующей, до 15 декабря 1923 года она была приписана к Благовещенской церкви, а затем стала самостоятельной. Она являлась одной из немногих в Ленинграде церквей, которые были открыты и в годы блокады. Храм не работал лишь с 22 января по апрель 1942 года, когда в нем складывали трупы умерших от голода Ленинградцев. В период блокады на Серафимовском кладбище было погребено около 100 тысяч погибших горожан. Умерших укладывали в четыре ряда в траншеи и засыпали. В 1957 - 1965 годах по проекту архитектора Я. Н. Лукина и группы скульпторов под руководством Р. К. Таурита справа от входа на кладбище над местом захоронения погибших в годы блокады был создан мемориальный ансамбль.

С 15 декабря 1923 года до 2 октября 1937 года Серафимовская церковь принадлежала группе "Живая церковь", затем до закрытия в январе 1942 года была обновленческой, а 28 апреля 1942 года открылась уже принадлежащей к Московской Патриархии. В послевоенные годы в храм были переданы образа из закрытой Благовещенской церкви, в том числе очень чтимый прихожанами образ Смоленской Божией Матери, привезенный в Петербург при императоре Петре I смоленскими работными людьми, строившими новую столицу. Внутреннее убранство церкви почти за век сохранилось без каких-либо изменений. В 1987 году над входом в Серафимовскую церковь были помещены три мозаичных образа Преподобного Серафима Саровского. В 2000 году были позолочены луковицы куполов храма, в 2002 г. выполнен ремонт фасадов.

В настоящее время церковь преподобного Серафима Саровского является одним из самых любимых и посещаемых верующими Петербурга храмов. Настоятелем храма уже более 20 лет является старейший клирик Санкт-Петербургской митрополии протоиерей Василий Ермаков. Кандидат богословиия, отец Василий - один из самых известных и популярных в Санкт-Петербурге священнослужителей. К нему приезжают паломники со всей России, приходят за советом ведущие политики и бизнесмены. Со Святейшим Патриархом Всея Руси Алексием II он знаком вот уже 60 лет, поддерживают дружеские отношения. С недавнего времени об о. Василии говорят как о старце, правда, сам он категорически против таких определений-ярлыков, говоря: "Я старец по годам, а не по званию". На службе к нему просто не прорваться: народ буквально берёт его в кольцо - просит благословения, доброго слова, а то и совета.

15 февраля 1999 г, в день 10-летия вывода советских войск из Афганистана, состоялось освящение закладки первого камня в основание стен часовни на Серафимовском кладбище, которая получила имя Святого Георгия Победоносца, покровителя воинов, и посвящена памяти погибших в Афганистане солдат. Освящение совершил настоятель церкви Серафима Саровского протоиерей Василий Ермаков. Строительство часовни было завершено ко Дню воздушно-десантных войск, который отмечается 2 августа. Часовня размером три на четыре метра и восемь метров в высоту увенчана позолоченным крестом, покрыта металлической кровлей, облицована каменной плиткой. Проект часовни в неорусском стиле выполнен архитектором И.Л. Воиновой. Финансировал строительство часовни Союз ветеранов войны в Афганистане.