Храм "Спас-на-водах" был построен в 1910 - 1911 годах архитектором М. М. Перетятковичем, крупнейшим зодчим начала ХХ века. Прототипом для Спасского храма послужила знаменитая церковь Покрова на реке Нерль, но пропорции его ближе пропорциям Дмитриевского собора во Владимире.

Архитектор не ограничился постройкой одного церковного здания, а выстроил комплекс монастырского типа. Двухэтажная церковь, колокольня и служебный корпус были соединены в духе XVII века крытыми переходами. Аркатурно-колончатые пояса, фигурные композиции и многослойный фриз, венчавший подкупольный барабан храма, обладали ценностью буквального воспроизведения подлинников владимирской резьбы XII века. Архитектурная и декоративная пластика Спаса была насыщена древними символами, будившими в подсознании человека XX столетия положительные чувства.

Дабы не пустовал высокий подвал, в нем соорудили еще одну церковь, чтобы хранить в ней воинские реликвии. Низкие своды крипты напоминали палаты царя Алексея Михайловича, в духе эпохи которого и было поручено художнику М. М. Адамовичу выполнить росписи и иконостас.

Уникальный храм-памятник был "символом братской могилы для погибших без погребения героев-моряков" в русско-японской войне 1904 - 1905 годов. Внутри на стенах были укреплены бронзовые доски с именами всех погибших моряков; над каждой было начертано название корабля и сражение с его участием - 12 тысяч имен, от адмирала Макарова до последнего кочегара.

В отделке храма участвовали многие известные художники. Эскизы мозаик исполнили В. М. Васнецов и Н. А. Бруни, каменные рельефы на фасаде - Б. М. Микешин. В алтаре по эскизам Бруни в мозаике изобразили шествующего по морю Христа.

Облицованный белым камнем (старицким известняком) с главой, сияющей золотом, храм очень красиво смотрелся с Невы, замыкая перспективу набережной, и сглаживал остроту слишком близкого соседства дворцов и заводских построек, разделенных ниточкой канала. Вместе с пятиглавой Успенской церковью на другом берегу Невы, храмы создавали своего рода пропилеи при морском входе в парадную часть столицы.

Храм-памятник был безжалостно снесен в 1932 году.

Ныне создана община, которая ведет работы по восстановлению этой святыни - единственной в России символической братской могилы всех российских моряков, чьи тела покоятся в море. В 2000 г. началось строительство часовни на его месте. 10 августа 2001 года на фундаменте возводящегося храма был отслужен первый молебен. 23 мая 2002 г. состоялась церемония поднятия креста исторической формы на часовню Спаса-на-Водах.

Строительство часовни было приурочено к 300-летию Санкт-Петербурга. Часовня находится на территории ГП "Адмиралтейские верфи" рядом с местом впадения Ново-Адмиралтейского канала в Неву.