Церковь построена на месте, где дружина под водительством князя Александра Ярославича 15 июля 1240 года разбила шведское войско. Согласно народному преданию, в Усть-Ижоре сразу же после битвы, в её честь, была воздвигнута часовня, а затем в XVI веке, уже после общерусской канонизации св. князя Александра Невского, совершённой в 1547 году – церковь. В начале Северной войны Ижорские земли были возвращены России. В 1707 году земли в устье Ижоры были пожалованы А. Д. Меншикову, получившего от австрийского императора Иосифа титул "Князя Ижорского" за заслуги перед империей. Здесь в 1711 году была заложена, а в феврале 1712 года освящена деревянная церковь во имя Святого Благоверного князя Александра Невского. После опалы Меншикова постепенно приходит в упадок и его Усть-Ижорская резиденция. В 1726 году деревянная церковь сгорела от молнии. В 1730 году на прежнем месте по указу Императрицы Анны Иоанновны была сооружена новая деревянная церковь.

В 1797 году церковь в Усть-Ижоре вновь сгорела от молнии, а в 1798 – 1799 годах по просьбе и при участии местных жителей, на их средства, при содействии казённых кирпичных заводов, была построена новая каменная церковь с колокольней, с деревянной крышей и куполом. Авторство проекта каменной церкви предположительно принадлежит В. И. и П. В. Нееловым. Церковь была обнесена оградой с чугунной решеткой между каменными пилонами. В 1824 году, при ремонте храма, главный вход в церковь украсил четырехколонный дорический портик.

В течение XIX века церковь пережила две перестройки. В 1835 – 1836 годах она была увеличена в длину путем пристройки трапезной и новой колокольни, формы которой соответствовали канонам позднего классицизма. Автором перестройки был архитектор Громов.

Последняя перестройка церкви производилась в 1871 – 1875 гг. и была вызвана необходимостью увеличить площадь церкви в связи с ростом населения села. Перестройка производилась на добровольные пожертвования. Автором ее был известный мастер в области церковной архитектуры М. А. Щурупов. Церковь была увеличена за счёт двух приделов (свт. Николая и Усекновения главы Иоанна Предтечи) в ширину, деревянный купол был заменён деревянным же, но большего размера. Расширение происходило за счет территории кладбища, в результате чего 10 могил оказались в пределах церкви. В церкви хранились старинные образа Александра Невского и Страстей Господних в серебряных ризах. В 1891 г. художником Виноградовым была обновлена живопись в интерьере храма.

В 1934 году Усть-Ижорская церковь была закрыта. Первоначально она была отдана под клуб, затем под склад, просуществовав в этом качестве до 1960-х годов. В годы войны (1941) советскими войсками была взорвана колокольня церкви под предлогом, что она является ориентиром для противника. В начале 1970-х рухнул купол храма. К концу 80-х церковь сохранялась в полуразрушенном виде. С 1987 года за её восстановление взялось добровольное объединение "Невская битва", поставившее вопрос о реставрации как самого храма, так и всего исторического поселка, связанного со многими знаменательными событиями. В 1989 году была зарегистрирована община церкви. В 1991 году храм был передан епархии. Реставрация, оплачиваемая частично из государственного бюджета, частично за счет частных пожертвований велась медленно, но неуклонно в течение шести лет.

Освящение главного придела храма по полному чину последовало в праздник Святого князя Александра Невского 30 августа 1995 года. Освящение северного придела во имя Николая Чудотворца последовало 19 сентября 1999 года. Позже остальных, 2 декабря 2001 года, был освящен южный придел во имя Святого Иоанна Предтечи.

В восстановленном во всей красе храме-памятнике св. Александра Невского регулярно совершаются богослужения. Воссозданный храм стал архитектурной жемчужиной региона.

6 декабря 2002 г. в ограде храма был открыт и освящен бронзовый бюст святого покровителя Санкт-Петербурга - великого благоверного князя Александра Невского. В основание памятника заложена земля из Суздаля, Владимира, Старой Ладоги и других мест, связанных с жизнью и подвигами великого князя. В этот день (день его кончины; 23 ноября по старому стилю) церковь отмечает День памяти небесного покровителя Санкт-Петербурга.

В ограде церкви 8 мая 2001 года открыт памятник погибшим разведчикам. На его четырёх гранитных плитах начертаны 253 фамилии. Монумент возведен по проекту Г. Мартюгова. Средства на него были выделены НИИЭФА им. Ефремова и администрацией пос. Металлострой.

29 мая 2003 г. в рамках празднования 300-летия С.-Петербурга на берегу р. Ижоры, где состоялась Невская битва, состоялось открытие памятника великому князю Александру Невскому. Церемония открылась крестным ходом из храма и освящением памятника. Бронзовая фигура князя - победителя тевтонских рыцарей выполнена скульптором Владимиром Горевым.

Место установки скульптуры выбрано не случайно. Именно здесь, в устье Ижоры состоялась в XIII веке знаменитая Невская битва. Здесь же должна была быть возведена Александро-Невская лавра, располагающаяся сейчас в устье реки Монастырки. Композиционно решение памятника Александру Невскому связано со зданием реконструированной церкви. Именно здесь, близ храма, по проекту, разработанному ЗАО "Институт "Стройпроект", устроена "стрелка", образованная двумя частями низкой набережной. На пересечении ее граней создана смотровая площадка со ступенями, расположенными амфитеатром.

В центре смотровой площадки разбит цветник, обрамленный гранитным парапетом, выполняющим одновременно роль скамьи. Ступени и смотровая площадка выполнены из светлого серого гранита, отдельные детали - блоки, подпорные стенки, окантовка откосов - из розового. Смотровую площадку перед памятником в будущем планируется использовать для проведения торжественных, праздничных, светских и религиозных мероприятий.